用过的牙刷上，最主要的细菌是肠杆菌、微球菌、放线菌和链球菌，使用时间越久，细菌的数量就越多。想通过使用抗菌材质做的牙刷来抑制刷毛上的细菌生长，也并不太现实。抗菌材料在恒温恒湿的实验室环境里或许能大展身手，但你在家使用就说不好了，毕竟温度、湿度、酸碱度等等条件都会有差异，可能会影响抗菌效果。总之，抗菌牙刷有一定作用，但不要依赖。
要知道口腔内寄生着许多微生物，在刷牙的时候，这些微生物细菌会沾到牙刷上。如果牙刷存放环境潮湿密闭，那么就会加速微生物和细菌繁殖。而大部分人为着使用方便而把牙刷牙杯放在潮湿不通风的卫生间，恰恰给了微生物疯狂繁殖的机会。更糟糕的是，大多数家庭里卫生间空间较小，马桶与洗手台的距离也通常比较短。在冲马桶时，水流的冲力会把马桶中的细菌冲到马桶外面，使细菌漂浮在卫生间的空气中。
牙刷直接和口腔接触，若把牙刷放在卫生间，每次冲马桶，都会有一点细菌跑到牙刷上，会增加口腔感染细菌的风险，很多人比较介意，所以牙刷套就这么被发明出来了。把牙刷头给罩起来，会让刷头更干净吗？2007年，研究人员招募了10名口腔健康情况良好、都住学校宿舍的大学生，给他们发了新牙刷。
第一周，大学生们刷牙后，都把牙刷放在开放的环境中，等牙刷自然干燥；第二周，大学生们在刷牙后，都给牙刷套上一个上图那样的塑料刷头套。实验结束后，研究人员小心翼翼地把牙刷上的细菌冲下来培养，然后跟同型号、同批次的新牙刷进行对比。跟上文提到的牙刷常见“原住民细菌”，以及作为对照的新牙刷相比，这些牙刷上过度生长了一些微生物，比如铜绿假单胞菌、革兰氏阴性需氧菌和机会性病原体。
其中，铜绿假单胞菌是引起肺炎、软组织感染、尿路感染甚至败血症的主要病原体之一，是比较凶猛的致病菌。如果使用者口腔黏膜有破损、免疫力低下，使用这样的牙刷就可能给健康带来麻烦。牙刷套虽然能隔绝部分外来细菌和灰尘，但一方面它毕竟没有杀菌作用，牙刷上已有的来自环境或口腔的细菌依然存在；另一方面，牙刷套阻碍了水分的蒸发，湿润的环境给细菌生长提供了良好的环境。
除了不放在洗手间外，不妨也从以下几点做起：用后干燥：虽说牙刷使用时必然是湿漉漉的，但我们也应该尽可能地让牙刷在早晚两次刷牙间保持干燥。刷完牙后，牙刷、牙杯要冲洗干净并将水甩干，刷头朝上放置于牙杯中或镂空牙刷桶里；单独存放：牙刷单人单用已经成为很多人的共识，但是就算是一家人，牙刷也最好不要放在同一个杯子里或是放在密闭的浴室用品箱里，避免细菌交叉传染；及时更换：旧牙刷也容易滋生细菌。美国牙医协会建议，每隔三四个月就要更换新牙刷，尤其是身体免疫力不佳时，更要勤换牙刷，有助预防感染。
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